विधिपूर्वक शिला का अभिषेक चंदन से कर, उसे वस्त्रों से ढाँक दिया गया। फिर सोने से बने आसन का अर्पण कर, उस शिला को यज्ञस्थल की परिक्रमा दक्षिणावर्त दिशा में कराई जाती है। इसके पश्चात्, श्रद्धापूर्वक शिला को कुशा से बने पलंग या शय्या पर हृदयभाग सहित स्थापित किया जाता है और उसकी विधिवत् पूजा की जाती है। फिर विवेकपूर्वक, पृथ्वी से लेकर परम तत्त्व तक सभी तत्त्वों के समूह का क्रम से विन्यास किया जाता है। तीन विभागों में व्याप्त तीन प्रकार के तत्त्वों को—बुद्धि से लेकर मन तक—विचार और सूक्ष्म तत्त्व की मर्यादा में क्रमशः स्थापित किया जाता है। सूक्ष्म तत्त्व से लेकर पृथ्वी तक, जिनका स्वरूप शिव-ज्ञान है, उन तत्त्वों और उनके अधिपतियों की अपने-अपने मंत्रों से हृदय में पूजा की जाती है। जहाँ पुष्पमालाओं और अन्य चिह्नों से युक्त स्थान हैं, वहाँ क्रम से इस प्रकार पूजन किया जाता है: "ॐ हूँ, शिवतत्त्व को नमः; ॐ हूँ, रुद्र, शिवतत्त्व के अधिपति को नमः; ॐ हाँ, ज्ञानतत्त्व को नमः; ॐ हाँ, विष्णु, ज्ञानतत्त्व के अधिपति को नमः; ॐ हाँ, आत्मतत्त्व को नमः; ॐ हाँ, ब्रह्मा, आत्मतत्त्व के अधिपति को नमः।" फिर पृथ्वी, अग्नि, यजमान, सूर्य, जल, वायु, चंद्रमा आदि की भी पूजा की जाती है। हर तत्त्व के लिए आठ-आठ रूपों का शिलाओं में विन्यास किया जाता है, जो सभी पशुपति, उग्र रुद्र, भव और ईश्वर के रूप में माने जाते हैं। महादेव और भीम के भी विभिन्न अंशों की क्रमशः पूजा होती है—जैसे "ॐ, पृथ्वी रूप को नमः; ॐ, पृथ्वी के अधिपति को नमः"—इन मंत्रों से प्रारंभ कर, लोकपालों की अपने-अपने अक्षरों से क्रमशः पूजा की जाती है। स्थापना के बाद, उन मंत्रों या अपने-अपने अक्षरों से कलशों की भी पूजा की जाती है; इन्द्र आदि के बीजाक्षर भी क्रम से उच्चारित किए जाते हैं—"लूं, रूं, शूं, पूं, वूं, यूं, मूं, हूं, क्षूं"—इस प्रकार नौ शिलाओं का विन्यास होता है; शिला का पंचविध रूप भी बताया गया है। प्रत्येक तत्त्व के लिए, सृष्टि के पंचरूप—पृथ्वी से आरंभ कर—विन्यस्त किए जाते हैं। इन स्थानों पर ब्रह्मा, विष्णु, रुद्र, ईश्वर और सदाशिव—इन पंचरूप अधिपतियों की पूर्ववत् पूजा की जाती है। "ॐ, पृथ्वी रूप को नमः; ॐ, ब्रह्मा, पृथ्वी रूप के अधिपति को नमः"—इन मंत्रों से पाँचों कलशों की क्रमशः नामपूर्वक पूजा कर, मध्य शिला से आरंभ कर विधिपूर्वक उन पर मुद्रांकन किया जाता है। फिर, मंत्र से, कुशा और तिल से सीमा बनाई जाती है; उसके बाद, अग्निकुंडों में ऊर्जा स्थापित कर, विधिपूर्वक पूजा और हवन किया जाता है। तत्त्वों और उनके अधिपतियों की घी आदि से आहुति देकर पूजा की जाती है; फिर ब्रह्मांश की शुद्धि के लिए, ब्रह्मा मंत्रों द्वारा मूल और अंगों का क्रमशः अभिषेक किया जाता है। सौ या उससे अधिक शिलाओं को पूर्ण कर, शांति के लिए उन पर जल का छिड़काव किया जाता है; फिर कुशा से स्पर्श कर, प्रत्येक तत्त्व की क्रमशः पूजा की जाती है। उपस्थिति और संबंध स्थापित कर, पुनः शुद्धि और अभिषेक किया जाता है; इस प्रकार, तीन विभागों में बार-बार यह विधान संपन्न किया जाता है। "ॐ आं ईं, आत्मा और ज्ञान तत्त्व को नमः"—इन मंत्रों से, तीन ब्रह्मांगों का क्रमशः स्पर्श कर, दरभा की जड़ों से तत्त्वों का संक्षिप्त और विस्तारपूर्वक ध्यान किया जाता है। "ॐ हाँ उम, ज्ञान और शिव तत्त्व को नमः"—इन मंत्रों के साथ घी और शहद से रत्नजटित ताम्रपात्रों को भरते हैं। लोकपालों के अधिष्ठाता देवताओं पर पंचगव्य और अर्घ्य अर्पित कर छिड़काव किया जाता है। अपने-अपने मंत्रों से पूजा कर, उनके समक्ष हवन किया जाता है; फिर सभी शिलाओं के अधिपति देवताओं का ध्यान किया जाता है—जो ज्ञानरूप, सुवर्णवर्ण, रत्नों से अलंकृत और स्नान किए हुए होते हैं—ताकि किसी भी दोष की अधिकता या न्यूनता दूर हो और स्थल व भूमि की शुद्धि हो सके। इसके पश्चात्, ईश्वर कहते हैं—मंदिर का माप लेकर, मुख्य मंडप और अंतराल का चिह्न अंकित किया जाता है; चौसठ भंडार बनाए जाते हैं और वेदी समविभाजित रूप से स्थापित की जाती है। कोनों में स्तंभ स्थापित कर, आठ रस्सियाँ विकर्ण कोनों तक फैलाकर बांधी जाती हैं; वहाँ दोपद और षट्पद जीवों की विधिवत् पूजा की जाती है। वास्तु-पुरुष का—जटाजूटधारी, दैत्य के रूप में उत्तरमुखी लेटे हुए—पूजन और दीवारों व अन्य रचनाओं की स्थापना के समय स्मरण किया जाता है। उसके घुटने और कुहनियाँ वायु और अग्नि दिशा में, पितृदिशा में तलवे, उग्र दिशा में सिर, और हृदय में हाथ जोड़कर स्थित होते हैं। उसके शरीर पर वे शुभदेवता प्रतिष्ठित होते हैं, जिनकी पूजा की जा चुकी होती है; वहाँ आठों दिशाओं के अधिपति आठ उपदिशाओं में स्थित रहते हैं। षट्पद देवता, मरीचि से आरंभ कर, पूर्व आदि दिशाओं में क्रमशः स्थित हैं; केंद्र में चतुष्पद ब्रह्मा हैं और शेष एकपद माने जाते हैं। जहाँ सभी नाड़ियाँ मिलती हैं, वही महान प्राणकेंद्र है, जो अपना फल देता है; वहाँ त्रिशूल, स्वस्तिक, वज्र और उसके घेराव वाला महा-स्वस्तिक होता है। त्रिशिख, कलाई-संधि और परम शुद्ध स्थान—ये बारह प्राणकेंद्र स्थल दीवारों और अन्य भागों में बचाए जाने चाहिए। फिर, ईश को घृत और अक्षत मिलाकर, पर्जन्य को कमलजल, जयंत को तेजस्वी केसरिया ध्वज अर्पित किया जाता है। महेन्द्र को रत्नजल, सूर्य को धूसर छत्र, सत्य और भृश को घृत, गेहूँ और पीठा चढ़ाया जाता है। अंतरिक्ष को कच्चा मांस, शक्ति को शस्त्र, और पूर्व दिशा में अग्नि को शहद, दूध, दही और घृत से भरी करछुल चढ़ाई जाती है। वितथ को भूने चावल और स्वर्णपात्र में शुद्ध जल, गृहपाल को मधु, यमराज को दालयुक्त चावल अर्पित किए जाते हैं। गंधर्वपति को सुगंध, भृंग को पक्षी की जिह्वा, मृग को कमलपत्र, और दक्षिण दिशा के आठ देवताओं को इस प्रकार अर्पण किया जाता है। पितरों को तिलजल, दूध और दंतधावन के लिए टहनी, द्वारपाल देवता को मुद्रांकित गौ अर्पित की जाती है। सुग्रीव को पीठा, पुष्पदंत को कुश, प्रचेतस को रक्तकमल, असुर को सुरा अर्पित की जाती है। शेष को घृत और गुड़युक्त चावल, रोगा को घृतयुक्त पीठा या पश्चिम दिशा में भूना चावल अर्पित किया जाता है। मारुत को पीला ध्वज, नाग को नागकेशर पुष्प, भल्लाट प्रमुख को उत्तम दाल का सूप और अन्य आहार चढ़ाया जाता है। सोम को घीयुक्त दूध-चावल, शालूक और मूषा को भी वही अर्पित होता है; लोपी, मदिति और दिति को उत्तर अष्टांश में नगर अर्पित किया जाता है। पूर्व में ब्रह्मा को मिठाई, मरीचि को षट्दल पुष्प, सविता को अग्नि के नीचे कोने के कक्ष में लाल पुष्प अर्पित किए जाते हैं। उसके नीचे सवित्री को कुशाजल, दक्षिण में षट्दलासन में स्थित विवस्वान को लाल चंदन चढ़ाया जाता है। रक्षस कोने के नीचे के कक्ष में इन्द्र को हल्दीयुक्त चावल, इन्द्र के नीचे इन्द्रजय को मिश्रित आहार अर्पित किया जाता है। इस प्रकार, विधिपूर्वक सभी देवताओं, तत्त्वों, शिलाओं और मंडल की पूजा एवं प्रतिष्ठा सम्पन्न होती है।