एक बार, जब दिव्य मंदिर के निर्माण का शुभ अवसर आया, तब आचार्य ने विधिपूर्वक पूजन की तैयारी आरंभ की। सबसे पहले, उन्होंने श्रद्धापूर्वक पृथ्वी स्वरूप को और ब्रह्मा जी को, जो पृथ्वी स्वरूप के अधिपति हैं, ‘ॐ पृथ्वी रूपाय नमः, ॐ ब्रह्मणे पृथ्वी रूपाधिपतये नमः’ मंत्रों के साथ प्रणाम किया। इसके बाद, क्रम से पाँच कलशों की उनके-अपने नामों से पूजा की और मध्य पत्थर से आरंभ कर विधि अनुसार उन पर मुहर लगाई। फिर, पवित्र कुशा घास और तिल के द्वारा सीमा बनाई गई और अग्निकुंडों में ऊर्जा स्थापित कर देवताओं की पूजा और हवन किया गया। तत्पश्चात, तत्त्वों और उनके अधिपतियों का घृत एवं अन्य नैवेद्य से पूजन किया। ब्रह्मा भाग की शुद्धि के लिए, जड़ और अंगों का ब्रह्मा मंत्रों से क्रमशः अभिषेक और संस्कार किया गया। जब सौ या उससे अधिक पत्थर भर लिए गए, तब शांति के लिए उन पर जल छिड़का गया और कुशा घास से स्पर्श कर प्रत्येक तत्त्व की विधिवत पूजा की गई। फिर, उपस्थिति और संबंध स्थापित कर पुनः शुद्धि और संस्कार किया गया। इस प्रकार तीन हिस्सों से बार-बार यह अनुष्ठान सम्पन्न किया गया। ‘ॐ आम् ईम् आत्मज्ञान रूपाभ्यः नमः’ मंत्र से ब्रह्मा के तीन अंगों को कुशा की जड़ से छूकर, तत्त्वों का लघु और दीर्घ ध्यान किया गया। ‘ॐ हाम् उम् विज्ञानशिव रूपाभ्यः नमः’ मंत्र के साथ, घी और मधु से रत्नजटित ताम्रपात्रों को भरा गया। इसके पश्चात, लोकपालों के अधिष्ठाता देवताओं को पंचगव्य और अर्घ्य से स्नान कराया गया। अपने-अपने मंत्रों से पूजन कर, उनके समक्ष हवन किया गया। फिर, सभी पत्थरों के अधिष्ठाता देवताओं का स्मरण किया गया—जो ज्ञानस्वरूप, सुवर्ण के समान दीप्त, रत्नों से अलंकृत और स्नान किए हुए हैं—ताकि स्थल और भूमि की शुद्धि तथा दोषों की निवृत्ति हो सके। इसके बाद, ईश्वर ने कहा—मंदिर की माप लेकर, मुख्य मंडप और अंतराल का चिह्नांकन करना चाहिए। चौसठ भंडार कक्ष बनाकर वेदी को समतल रखना चाहिए। कोनों में स्तंभ स्थापित कर, आठ रज्जुएँ विकर्ण कोनों तक फैलानी चाहिए। वहाँ, दोपद और षट्पद जीवों का नियमपूर्वक पूजन करें। मंडिर की रचना और दीवारों के निर्माण के समय, वामन रूप में लेटे हुए, जटा-जूटधारी वास्तुपुरुष का स्मरण करें, जिनका मुख उत्तर की ओर है। उनके घुटने और कुहनियाँ वायु और अग्नि की दिशा में, पितृदिशा में उनके तलवे, उग्र दिशा में सिर और हृदय में हाथ जोड़कर स्थित हैं। उनके शरीर पर पूजित शुभ देवता प्रतिष्ठित हैं और आठों कोनों में आठ अधिपति देवता स्थित हैं। पूर्व से आरंभ कर षट्पद देवता, मरीचि आदि, दिशाओं में क्रम से स्थित हैं; मध्य में चतुष्पद ब्रह्मा और शेष एकपद माने गए हैं। जहाँ सभी नाड़ियाँ मिलती हैं, वहाँ महान् प्राण केंद्र है, जो अपना फल देता है। वहीं त्रिशूल, स्वस्तिक, वज्र और घेरावाला महा-स्वस्तिक चिह्न होते हैं। तीन शिखर, कलाई का जोड़ और परम शुद्ध स्थान—ये बारह प्राण केंद्र दीवारों आदि में छोड़ देने चाहिए। फिर, ईश को घी और अक्षत से, पर्जन्य को कमल-जल से, और जयंत को उज्ज्वल केसरिया ध्वजा अर्पित करें। महेन्द्र को रत्नजल, सूर्य को धूसर छत्र, सत्य और भृश को घी, गेहूँ और पुए अर्पित करें। अंतरिक्ष को कच्चा मांस, शक्ति को शस्त्र, पूर्व दिशा में अग्नि को मधु, दूध, दही और घी से भरा करछुल दें। वितथ को भुना चावल और स्वर्ण-पात्र में शुद्ध जल, गृहपाल को मधु, यमराज को दाल-भात अर्पित करें। गन्धर्वाधिपति को सुगंध, भृंगा को पक्षी की जिह्वा, मृग को कमलपत्र और दक्षिण दिशा के आठ देवताओं को इसी प्रकार भोग दें। पितरों को तिल-जल, दूध और दन्तधावन के लिए टहनी, दिव्य द्वारपाल को चिह्नित गाय अर्पित करें। सुग्रीव को पुए, पुष्पदंत को कुशा, प्रचेतस को लाल कमल, असुर को मदिरा दें। शेष को घी और गुड़-भात, रोगा को घी के पुए या पश्चिम में भुना चावल अर्पित करें। मारुत को पीला ध्वज, नाग को नागकेशर पुष्प, भल्लाट को उत्तम दाल-सूप और भोजन दें। सोम को घीयुक्त दूध-भात, शालूक और मूषा को भी वही, लोपी, मदिति और दिति को उत्तर कोण में नगर अर्पित करें। पूर्व में ब्रह्मा को मीठे पुए, मरीचि को षट्पत्र पुष्प, अग्निकक्ष में अग्नि के नीचे सवित्र को लाल पुष्प दें। उसके नीचे सवित्री को कुशाजल, दक्षिण में षट्पद पीठ पर विवस्वत को लाल चंदन अर्पित करें। रक्षस कोण के नीचे इन्द्र को हल्दी-भात, इन्द्र के नीचे इन्द्रजय को मिश्रित भोजन दें। वरुणी की षट्पद पीठ पर मित्र को मीठा भात, वायव्य कोण के नीचे रुद्र को घीयुक्त भोजन, और उसके नीचे रुद्र के सेवक को मांस अर्पित करें। उत्तर पथ में, पृथ्वीधारी की षट्पद पीठ पर काले चने का नैवेद्य दें। शिव कोण के नीचे आप और साय को क्रम से दही और दूध अर्पित करें, पूजन विधान से। मध्य की चतुष्पद पीठ पर प्रतिष्ठित ब्रह्मा को पंचगव्य और घी से बनी खीर अर्पित करें। ईशान से वायव्य तक के कोनों में क्रम से चार गृहपालकों का पूजन करें—चरकादि से आरंभ कर। चरकी को घी-मांस, विदार्या को कमल-पात्र में दही, पूतना को पित्त और रक्त का भाग अर्पित करें। पापराक्षसी को अस्थि, रक्त और पित्त दें; पूर्व में स्कंद को काले चने का भात दें। दक्षिण में अर्यमन को दाल के साथ पुए, वरुण कोण में जम्भक को रक्तयुक्त मांस दें। उत्तर में पिलिपिंजा को लाल चावल और पुष्प दें; या सम्पूर्ण गृह का पूजन कुशा, दही और जल से करें। गृह या नगर में इक्यासी पीठों से पूजन करें; तीन-पद रेखाएँ बनाएँ और कोनों में षट्पद पीठ स्थापित करें। इस प्रकार, विधिपूर्वक पूजन और प्रतिष्ठा सम्पन्न होती है, जिससे स्थल, देवता और भवन सभी पवित्र एवं दिव्य हो जाते हैं।